《内阁教育检讨委员会报告书》（《马哈迪教育报告书》）12月14日发表，对私立学校（包括独中）提出种种的限制。

新山宽柔中学董事部总务向媒体证实2005年起新山宽柔中学初中特优班数学科采用新加坡初中水准的英文课本，但仍会以华语为教学媒介语。宽中董事会也特别强调与声明，采用英文课本是为提高学生的数学水平，方便衔接高中课程，绝无乖离独中办学方针之意。针对此事，董总主席郭全强表示，董总无权干涉各独中的教学改革，因为各独中有其自主权，宽柔中学董事会有权制订教改措施，董总尊重该校尝试这项教改实验，但不会更改统考试卷的媒介语让学生以英文作答。2005年5月，宽柔中学首次召开汇报会，公开向社会人士报告初中一数学科采用英文课本5个月后的学习情况，并强调仍采用华语为教学媒介语，并没有违背教学传统。

2004年新学年，国小及淡小的一、二年级学生全面以英文教授数理科，而华小则继续以“2-4-3”方案来进行英文数理的教学。“2-4-3”方案实施的第二年，华小还是面对许多混乱和不知所措的局面，尽管董总和教总以及一些团体继续发出强烈的反对声音，但政府仍然藐视民意，执意推行数理英化的政策。

霹雳州近打县教育局官员被指向县内华小发出“口头指示”，在2005年内落实以英语教导美术、音乐、体育科目。2月5日，董教总发表文告坚决反对这项教育措施。2月28日，教育部副部长韩春锦表示霹雳州教育局没有强制要求该州华小与淡小以英语教导这三项科目，各校校长可自行决定是否采纳有关建议。

3月7日，七大华团（华总、董总、教总、七大乡团协调委员会、校友联总、留台联总、马来亚南大校友会）联合签署《国内主要华团第九大马计划建议书》，并提呈予首相署经济策划组，同时也将副本呈首相、相关部门及华基执政党。有关建议书只获得文化、艺术及文物部部长莱士雅回函表达建议书内有关文化部分的意见。

3月8日，教育部公布了2005年UPSR考试英文科、PMR考试华文科考试新纲要和试卷格式，即UPSR考试英文科试卷一：理解、试卷二：作文；PMR考试华文科试卷一：选择题、试卷二：书写应用题。

我国政府通过各种行政手段，企图蚕食华小董事会的主权。董总为此不断通过各种方式和管道，宣导董事会在教育法令下所赋于的管理学校的权力。2月18日，全国校长职工会马六甲分会主席杨清亮吁请董总停止就学校食堂招标事打压和为难校长。全国校长职工会主席江秀坤表示董总处处打压校长，已使该会难以继续与董总合作。2月24日，董总常委会紧急会议建议于3月3日召开董总、教总、全国校长职工会联席会议，讨论华小董事会主权问题。3月3日，全国校长职工会基于交流会会场外有数十名家长举行抗议行动及传言家长来现场抗议乃由董总负责人策动而临时缺席，导致三造交流对话会流产。3月4日，董总发表文告，对全国校长职工会缺席交流会表示遗憾。3月7日，董教总再次邀请全国校长职工会进行坦城对话。3月18日，董总、教总与校长职工会代表在董教总教育中心进行交流，并达致4项共识，其中包括董总和教总成立专案小组，以制定各项涉及收费活动的机制。随后，董总和教总成立专案小组，召开会议草拟有关的管理机制指南。5月5日，董总、教总联席会议修订及接纳《华小管理机制指南（草案）》。5月7日，董总各州属会第72次联席会议通过与发布《华小管理机制指南（草案）》。教总和全国校长职工会对董总未事先照会与征求意见，单方面率先公布指南，深感不满。鉴于此，董总于5月9日发表文告表示歉意，并说明公布指南的3点原因。无论如何，董总也将指南寄给各党团和各校董事会，以在两个月内收集意见，以完善指南的内容及符合实际运作的需要。然而，全国校长职工会主席彭忠良于9月28日表示，华小校长如果执行董总提出的《华小管理机制指南》，将触犯教育部的12项行政条例，除非此指南获得教育部核准。9月29日，董总发表文告表示，《华小管理机制指南》体现华小董事会主权地位，全国校长职工会应对教育部官员企图法外立法，制订各种蚕食和剥夺华小董事会主权的教育条例、行政通令或指南，表明立场。

3月，根据报章报导，国内一些华小依据教育局指示，缩减班级以解决师资短缺问题。6月，教育部公布雪州涉及缩班的25所华小的学生人数和班级资料。教育部副部长韩春锦表示，雪州教育局是基于不符合开班条件而指示州内25所华小缩班，非因师资短缺使然。董教总发表文告驳斥韩春锦的谈话，并吁请教育部正视解决华小师资短缺问题。6月29日，雪州25所华小获州教育局指示无需缩班，董教总对雪州教育局取消缩班的措施表示欢迎，但认为教育部应对华小师资不足问题提出解决方案。2011年的新学年，柔佛麻坡县与居銮县一些华小，突然接到教育局指示要校方缩班，结果造成学校在行政和教学上的干扰。董总发表文告，吁请教育部指示各州教育局立即停止强制实行缩班措施，并协调各州教育局执行这项指示，提供足够及合适的师资给华小，避免出现混乱局面干扰各校的正常运作。2012年的新学年前，吉隆坡新街场大同华小、尊孔华小、沙叻秀华小及光汉华小接获直辖区教育局发出的公函，指示这4所学校以缩班方式解决师资不足的问题，引起校方的关注。教育部副部长魏家祥也公开表明，教育部不曾发出要求华小缩班的公函，因此董总发表文告提醒各校必须坚持不缩班的立场。随后，魏家祥强调，直辖区教育局指示华小缩班的说法不成立，缩班的决定主要是学生人数不足，与师资短缺问题无关，外界不应对教育局做出不实指责。

5月13日，全国华文小学家长总会筹委会正式成立，并提出4项宗旨：促进全国华小家长的交流与合作；改善华小学习环境及维护家长与学生福利；推动与落实华小素质教育；遵循全国华社发展华教意愿，维护华小权益及董事会主权，确保华小永不变质。

6月9日至10日，董教总全国华文独中工委会主办、马来西亚留华同学会联办“第一届马来西亚华文独中教育研讨会”，在加影董教总教育中心顺利举行。这项研讨会的主题为“独中课程改革的现实与理想”，宗旨是提升马来西亚华文独中教育素质，主要目的是要推广独中教育工作者的学术研究，以及提升独中办学素质。

槟城华文教育工委会议决成立“槟州华文独中教育基金会”，计划筹款100万元，以全方位协助州内五所独中发展，包括提高独中教育素质、提供独中教师培训计划、扶助独中清寒学生完成学业等。此基金会也是全国首个特为协助独中发展而成立的基金会。

教育部制定了搬迁华小的7项条例，其中包括迁校必须获得所有家长书面同意、有关学校董事会和家教协会必须负责建校及自寻迁校土地、一旦迁校，原有旧校地必须完全关闭。5月5日，董教总发表文告指出，教育部所规定的7大迁校条件，完全否定华小作为国家教育体系一环的地位，应该加以撤销。而马华公会也认为教育部所规定这7项条例太苛刻，该会将与教育部洽商解决有关问题。

由15位企业家联合设立的“公益从心，教育至上”的公益金于9月26日由首相纳吉正式推介，共有61所学校获颁首批总数为2千611万令吉的公益金。受惠学校中，以华小占大多数，另有6所淡小及6所教会学校。这项公益金旨在推广及支持本地教育，以非营利方式为政府或社区资源不足的非国民学校提供财务援助，它也提供奖学金予特殊及需要财务援助的大马学生，协助他们获得有素质的教育，预计2012年开始，每一年将有1亿令吉资金供教育发展用途。